Войсковой Александро-Невский собор был заложен на войсковые средства в 1853 году на месте старого деревянного Воскресенского собора, расположенного на Базарной площади Екатеринодара. Строительство, на которое было потрачено около 100 тыс. рублей, длилось 19 лет. Храм освятили только в 1872 году — работы прервала Крымская война.
В честь появления святыни площадь и примыкающая улица стали называться Соборными. Авторами проекта были братья Иван и Елисей Черники, которые за войсковой счет учились в Санкт-Петербургской академии художеств.
Осенью 1888 года в храме прошел молебен в честь прибывших в казачий град императора Александра III и императрицы Марии Федоровны с наследником престола Николаем и вторым сыном Георгием.
В войсковом соборе хранились реликвии кубанского казачества, в том числе регалии Кубанского казачьего войска, проходили все торжественные церемонии казаков Екатеринодара. При храме действовал знаменитый войсковой певчий хор, который стал прообразом созданного позднее Кубанского казачьего хора.
В 1937 году собор разрушили большевики. Решение о его восстановлении было принято в 2003 году губернатором Кубани Александром Ткачевым. Торжественная церемония закладки камня на месте будущего храма состоялась 17 декабря того же года. Войсковой собор решили восстановить на новом месте — в начале улицы Красной. До своего разрушения главный собор Кубани располагался на углу улиц Красной и Соборной, в сквере напротив нынешнего здания администрации края.
Спустя два года после начала строительства, колокола, купола и кресты храма освятил патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
28 мая 2006 года Митрополит Калининградский и Смоленский Кирилл освятил полностью восстановленный Александро-Невский собор.
